Sesuai dengan Peraturan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Yogyakarta Nomor  02 /DPRD/Tahun 2009 Tentang Tata Tertib, pada pasal 32 yaitu bahwa alat-alat kelengkapan DPRD terdiri atas :

a.    Pimpinan;
b.    Badan Musyawarah;
c.    Komisi;
d.    Badan Legislasi Daerah;
e.    Badan Anggaran;
f.    Badan Kehormatan; dan
g.    alat kelengkapan lain yang diperlukan dan dibentuk oleh rapat paripurna.


1.    PIMPINAN

Sesuai dengan Peraturan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Yogyakarta Nomor  02 /DPRD/Tahun 2009 Tentang Tata Tertib, yaitu :

Pasal 33 yaitu

(1)    Pimpinan DPRD terdiri  dari 1 (satu) orang ketua dan 2 (dua) orang wakil ketua.
(2)    Pimpinan sebagaimana dimaksud pada ayat (1) berasal dari partai politik berdasarkan urutan perolehan kursi terbanyak di DPRD.
(3)    Ketua DPRD ialah anggota DPRD yang berasal dari partai politik yang memperolah kursi terbanyak pertama di DPRD.
(4)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh kursi terbanyak pertama sebagaimana dimaksud pada ayat (3), ketua DPRD ialah anggota DPRD yang berasal dari partai politik yang memperoleh suara terbanyak.
(5)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh suara terbanyak sama sebagaimana dimaksud pada ayat (4), penentuan ketua DPRD dilakukan berdasarkan persebaran wilayah perolehan suara partai politik yang lebih luas secara berjenjang.
(6)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh kursi terbanyak pertama sebagaimana dimaksud pada ayat (3), wakil ketua DPRD ialah anggota DPRD yang berasal dari partai politik yang memperoleh suara terbanyak kedua dan ketiga.
(7)    Apabila masih terdapat kursi wakil ketua DPRD yang belum terisi sebagaimana dimaksud pada ayat (6), maka kursi wakil ketua diisi oleh anggata DPRD yang berasal dari partai politik yang memperoleh kursi terbanyak kedua.
(8)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh kursi terbanyak kedua sama, wakil ketua sebagaimana dimaksud pada ayat (7) ditentukan berdasarkan urutan hasil  perolehan suara terbanyak.
(9)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh kursi terbanyak kedua sebagaimana dlmaksud pada ayat (7), penentuan wakil ketua DPRD sebagaimana dlmaksud pada ayat (8) dilakukan berdasarkan persebaran wilayah perolehan suara partai politik yang lebih luas secara berjenjang.

Pasal 34 yaitu :

(1)    Dalam hal Pimpinan DPRD sebagaimana dimaksud dalam Pasal 33 ayat (1) belum terbentuk, DPRD dipimpin oleh Pimpinan Sementara DPRD.
(2)    Pimpinan Sementara DPRD sebagaimana dimaksud pada ayat (1) terdiri atas seorang ketua dan seorang wakil ketua yang berasal dari dua partai politik yang memperoleh kursi terbanyak pertama dan kedua di DPRD.
(3)    Dalam hal terdapat lebih dari 1 (satu) partai politik yang memperoleh kursi terbanyak sama, ketua dan wakil ketua sementara DPRD ditentukan secara musyawarah oleh wakil partai politik bersangkutan yang ada di DPRD.
(4)    Ketua dan Wakil Ketua DPRD diresmikan dengan Keputusan Gubernur.
(5)    Pimpinan DPRD sebelum memangku jabatannya mengucapkan sumpah/janji yang teksnya sebagaimana dimaksud dalam Pasal 8 yang dipandu oleh Ketua Pengadilan Negeri.
(6)    Tata cara pengucapan sumpah/janji Pimpinan DPRD mengikuti ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 10.

 Pasal 35 yaitu Tugas dan Wewenang Pimpinan

(1)    Pimpinan DPRD mempunyai tugas :
a.    memimpin sidang-sidang dan menyimpulkan hasil sidang untuk mengambil keputusan;
b.    menyusun rencana kerja dan mengadakan pembagian kerja antara Ketua dan Wakil Ketua;
c.    menjadi juru bicara DPRD;
d.    melaksanakan dan memasyarakatkan Keputusan DPRD;
e.    mengadakan konsultasi dengan Walikota dan instansi pemerintah lainnya sesuai dengan Keputusan DPRD;
f.    mewakili DPRD dan/atau alat kelengkapan DPRD di Pengadilan;
g.    melaksanakan Keputusan DPRD berkenaan dengan penetapan sanksi atau rehabilitasi anggota sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
h.    menyusun rencana anggaran DPRD bersama Badan Anggaran; dan
i.    menyampaikan laporan kinerja DPRD dalam Rapat Paripurna pada setiap akhir masa persidangan;
j.    melakukan koordinasi dalam upaya menyinergikan pelaksanaan tugas dan fungsi alat kelengkapan DPRD.
(2)    Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (1), Pimpinan DPRD dapat:
a.    menghadiri rapat dan/atau mengikuti kegiatan yang diselenggarakan oleh alat kelengkapan DPRD apabila dipandang perlu;
b.    melakukan koordinasi dengan pimpinan fraksi apabila dipandang perlu;
c.    mengawasi pelaksanaan tugas dan kewajiban yang dilakukan oleh Sekretaris DPRD dengan dibantu oleh Badan Musyawarah;
d.    mengadakan Rapat Pimpinan DPRD sekurang-kurangnya sekali dalam setiap bulan;
e.    membentuk tim atas nama DPRD terhadap suatu masalah mendesak yang perlu penanganan segera, setelah mengadakan konsultasi dengan pimpinan fraksi dan pimpinan komisi yang terkait;
f.    membentuk tim kuasa hukum untuk mewakili DPRD dalam persidangan di Pengadilan;
g.    menentukan kebijakan atas nama DPRD terhadap suatu permasalahan yang mendesak setelah mendapatkan pertimbangan dari Badan Musyawarah; dan
h.    memberikan pertimbangan atas nama DPRD terhadap pencalonan seseorang untuk menduduki jabatan tertentu sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
(3)    Pelaksanaan tugas Pimpinan DPRD dilakukan secara kolektif dan kolegial.
(4)    Apabila Ketua dan Wakil Ketua meninggal dunia, mengundurkan diri secara tertulis, tidak dapat melaksanakan tugas secara berkelanjutan atau berhalangan tetap secara bersama-sama, maka tugas-tugas Pimpinan DPRD dilaksanakan  oleh  Pimpinan Sementara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 34.

Pasal 36 yaitu :
(1)    Dalam hal seorang Pimpinan DPRD diberhentikan dari jabatannya, Pimpinan lainnya mengadakan musyawarah untuk menentukan pelaksanaan tugas sementara sampai terpilihnya pengganti definitif.
(2)    Dalam hal penggantian Pimpinan DPRD tidak keseluruhan sebagaimana dimaksud pada ayat (1), salah seorang Pimpinan DPRD meminta nama pengganti Ketua dan/atau Wakil Ketua yang berhenti kepada Partai Politik yang bersangkutan.

Pasal 37 yaitu :

(1)    Dalam hal Pimpinan DPRD diduga melakukan tindak pidana dengan ancaman hukuman pidana serendah-rendahnya lima tahun penjara berdasarkan Putusan Pengadilan yang belum mempunyai kekuatan hukum tetap, Pimpinan DPRD yang bersangkutan tidak diperbolehkan melaksanakan tugas, memimpin rapat-rapat DPRD, dan menjadi juru bicara DPRD sebagaimana dimaksud dalam Pasal 35 ayat (1) huruf a dan huruf c.
(2)    Dalam hal Pimpinan DPRD sebagaimana dimaksud pada ayat (1), dinyatakan tidak bersalah berdasarkan Putusan Pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap, dan dinyatakan bebas dari segala tuntutan hukum, Pimpinan DPRD melaksanakan kembali tugasnya sebagaimana dimaksud dalam Pasal 35 ayat (1) huruf a dan huruf c
 
Susunan Pimpinan DPRD Kota Yogyakarta Periode 2004-2009 adalah sebagai berikut :

Ketua            : HENRY KUNCOROYEKTI, SH.
Wakil Ketua    : RM. SINARBIYAT NUJANAT, SE.
Wakil Ketua    : AGUNG KUSUMANDARU, SE.